Leesvoer: Wat opende de doos van Pandora in Wuhan? Wade, Nature, Bonte.

19 dec

https://virusvaria.nl/leesvoer-wat-opende-de-doos-van-pandora-in-wuhan-wade-nature-bonte/

Steeds meer mensen beginnen zich te interesseren in de kwesties die door ‘wappies’ al eerder te berde zijn gebracht. Zo is daar ook de Lab Leak theorie. Mijn partner wilde er graag -liefst in het Nederlands- over lezen op haar iPad. Vandaar deze (vooralsnog ongeredigeerde) Google-vertaling van het in mei verschenen artikel van Nicholas Wade, waarnaar ik in juni ook verwees in Gain of function pandemic – The Movie. Ook makkelijker om te delen. Daaronder een artikel uit Nature over hetzelfde onderwerp, een maand later. En uiteraard mag de serie “Vraag het Marion” van Jan Bonte niet ontbreken – maar die hoefde niet vertaald te worden.

Door Nicholas Wade | 5 mei 2021

Leden van het team van de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) die de oorsprong van het COVID-19-coronavirus onderzoeken, arriveren op 3 februari met de auto bij het Wuhan Institute of Virology (Foto door HECTOR RETAMAL/AFP via Getty Images) 

Leden van het team van de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) die de oorsprong van het COVID-19-coronavirus onderzoeken, arriveren op 3 februari met de auto bij het Wuhan Institute of Virology (Foto door HECTOR RETAMAL/AFP via Getty Images)

De COVID-19-pandemie heeft al meer dan een jaar levens over de hele wereld ontwricht. Het dodental zal binnenkort de drie miljoen mensen bereiken. Toch blijft de oorsprong van de pandemie onzeker: de politieke agenda’s van regeringen en wetenschappers hebben dikke wolken van verduistering veroorzaakt, die de reguliere pers hulpeloos lijkt te verdrijven.

In wat volgt zal ik de beschikbare wetenschappelijke feiten, die veel aanwijzingen bevatten over wat er is gebeurd, doorzoeken en de lezers voorzien van het bewijs om hun eigen oordeel te vellen. Ik zal dan proberen de complexe kwestie van schuld te beoordelen, die begint bij, maar veel verder reikt dan de regering van China.

Aan het einde van dit artikel heb je misschien veel geleerd over de moleculaire biologie van virussen. Ik zal proberen om dit proces zo pijnloos mogelijk te houden. Maar de wetenschap kan niet worden vermeden, want voorlopig, en waarschijnlijk voor een lange tijd dus, biedt het de enige zekere draad door het doolhof.

Het virus dat de pandemie veroorzaakte, staat officieel bekend als SARS-CoV-2, maar kan kortweg SARS2 worden genoemd. Zoals veel mensen weten, zijn er twee hoofdtheorieën over de oorsprong ervan. Een daarvan is dat het op natuurlijke wijze van dieren in het wild naar mensen sprong. De andere is dat het virus in een laboratorium werd bestudeerd, waaruit het ontsnapte. Het maakt veel uit, wat het geval is als we hopen een tweede dergelijk voorval te voorkomen.

Ik zal de twee theorieën beschrijven, uitleggen waarom elk aannemelijk is, en dan vragen welke de betere verklaring van de beschikbare feiten geeft. Het is belangrijk op te merken dat er tot nu toe geen direct bewijs is voor beide theorieën. Elk hangt af van een reeks redelijke vermoedens, maar tot nu toe ontbreekt het aan bewijs. Dus ik heb alleen aanwijzingen, geen conclusies, te bieden. Maar die aanwijzingen wijzen in een bepaalde richting. En nadat ik die richting heb afgeleid, ga ik enkele van de draden afbakenen in deze verwarde streng van rampspoed.

Een verhaal van twee theorieën. Nadat de pandemie voor het eerst uitbrak in december 2019, meldden de Chinese autoriteiten dat zich veel gevallen hadden voorgedaan op de natte markt – een plaats waar wilde dieren voor vlees worden verkocht – in Wuhan. Dit deed deskundigen denken aan de SARS1-epidemie van 2002, waarbij een vleermuisvirus zich eerst had verspreid naar civetkatten, een dier dat op natte markten wordt verkocht, en van civetkatten naar mensen. Een soortgelijk vleermuisvirus veroorzaakte in 2012 een tweede epidemie, bekend als MERS. Dit keer waren kamelen het tussengastdier.

De decodering van het genoom van het virus toonde aan dat het behoorde tot een virale familie die bekend staat als bèta-coronavirussen, waartoe ook de SARS1- en MERS-virussen behoren. De relatie ondersteunde het idee dat het, net als zij, een natuurlijk virus was dat erin was geslaagd om van vleermuizen, via een andere dierlijke gastheer, naar mensen te springen. De verbinding met de natte markt, het belangrijkste punt van overeenkomst met de SARS1- en MERS-epidemieën, werd snel verbroken: Chinese onderzoekers vonden eerdere gevallen in Wuhan zonder link met de natte markt. Maar dat leek er niet toe te doen toen er binnenkort zoveel meer bewijs ter ondersteuning van natuurlijke opkomst werd verwacht.

Wuhan is echter de thuisbasis van het Wuhan Institute of Virology, een toonaangevend wereldcentrum voor onderzoek naar coronavirussen. De mogelijkheid dat het SARS2-virus uit het laboratorium was ontsnapt, kon dus niet worden uitgesloten. Er lagen twee redelijke scenario’s van herkomst op tafel.

Vanaf het begin werden de percepties van het publiek en de media gevormd ten gunste van het scenario van natuurlijke opkomst door sterke uitspraken van twee wetenschappelijke groepen. Deze uitspraken werden aanvankelijk niet zo kritisch bekeken als ze hadden moeten zijn.

“We staan ​​samen om samenzweringstheorieën die suggereren dat COVID-19 geen natuurlijke oorsprong heeft, krachtig te veroordelen”, schreven een groep virologen en anderen in de Lancet op 19 februari 2020, toen het echt veel te vroeg was voor iemand om zeker te zijn wat is er gebeurd. Wetenschappers “concluderen overweldigend dat dit coronavirus zijn oorsprong vindt in dieren in het wild”, zeiden ze, met een opzwepende oproep aan lezers om samen met Chinese collega’s in de frontlinie van de bestrijding van de ziekte te staan.

In tegenstelling tot wat de briefschrijvers beweerden, was het idee dat het virus mogelijk uit een laboratorium was ontsnapt, een ongeluk, geen samenzwering. Het moest zeker worden onderzocht, niet zonder meer worden afgewezen. Een kenmerkend kenmerk van goede wetenschappers is dat ze veel moeite doen om onderscheid te maken tussen wat ze weten en wat ze niet weten. Volgens dit criterium gedroegen de ondertekenaars van de Lancet-brief zich als arme wetenschappers: ze verzekerden het publiek van feiten waarvan ze niet zeker wisten dat ze waar waren.

Later bleek dat de Lancet-brief was opgesteld en opgesteld door Peter Daszak, voorzitter van de EcoHealth Alliance of New York. De organisatie van Daszak financierde coronavirusonderzoek aan het Wuhan Institute of Virology. Als het SARS2-virus inderdaad was ontsnapt uit onderzoek dat hij financierde, zou Daszak mogelijk schuldig zijn. Dit acute belangenconflict werd niet aan de lezers van The Lancet gemeld. Integendeel, de brief concludeerde: “We verklaren geen concurrerende belangen.”

Peter Daszak, een lid van het team van de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) dat de oorsprong van het COVID-19-coronavirus onderzoekt, praat op zijn mobiele telefoon in het Hilton Wuhan Optics Valley in Wuhan.  (Foto door HECTOR RETAMAL/AFP via Getty Images)
Peter Daszak, een lid van het team van de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) dat de oorsprong van het COVID-19-coronavirus onderzoekt, praat op zijn mobiele telefoon in het Hilton Wuhan Optics Valley in Wuhan. (Foto door HECTOR RETAMAL/AFP via Getty Images)

Virologen zoals Daszak hadden veel op het spel bij het toewijzen van de schuld voor de pandemie. Twintig jaar lang speelden ze, meestal onder de aandacht van het publiek, een gevaarlijk spel. In hun laboratoria creëerden ze routinematig virussen die gevaarlijker waren dan de virussen die in de natuur voorkomen. Ze voerden aan dat ze dit veilig konden doen en dat ze door de natuur voor te zijn, natuurlijke ‘spillovers’, de overdracht van virussen van een dierlijke gastheer naar mensen, konden voorspellen en voorkomen. Als SARS2 inderdaad aan zo’n laboratoriumexperiment was ontsnapt, kon een wrede terugslag worden verwacht en zou de storm van publieke verontwaardiging overal virologen treffen, niet alleen in China. “Het zou het wetenschappelijke bouwwerk van boven naar beneden verbrijzelen” , zei Antonio Regalado, redacteur van MIT Technology Review , in maart 2020.

Een tweede uitspraak die een enorme invloed had op het vormgeven van de publieke opinie was een brief (dus een opiniestuk, geen wetenschappelijk artikel) die op 17 maart 2020 in het tijdschrift Nature Medicine werd gepubliceerd . De auteurs waren een groep virologen onder leiding van Kristian G. Andersen van het Scripps Research Institute. “Onze analyses laten duidelijk zien dat SARS-CoV-2 geen laboratoriumconstructie of een doelbewust gemanipuleerd virus is”, verklaarden de vijf virologen in de tweede alinea van hun brief.

Helaas was dit weer een geval van slechte wetenschap, in de hierboven gedefinieerde zin. Het is waar dat sommige oudere methoden voor het knippen en plakken van virale genomen duidelijke tekenen van manipulatie behouden. Maar nieuwere methoden, “no-see-um” of “naadloze” benaderingen genoemd, laten geen bepalende tekens achter. Noch andere methoden voor het manipuleren van virussen, zoals seriële passage, de herhaalde overdracht van virussen van de ene celcultuur naar de andere. Als een virus is gemanipuleerd, hetzij met een naadloze methode of door seriële passage, is er geen manier om te weten dat dit het geval is. Andersen en zijn collega’s verzekerden hun lezers van iets dat ze niet konden weten.

Het discussiegedeelte van hun brief begint: “Het is onwaarschijnlijk dat SARS-CoV-2 is ontstaan ​​door laboratoriummanipulatie van een gerelateerd SARS-CoV-achtig coronavirus.” Maar wacht, zei de leiding niet dat het virus duidelijk niet was gemanipuleerd? De mate van zekerheid van de auteurs leek een paar tandjes te verslappen als het ging om het uiteenzetten van hun redenering.

De reden voor de slip is duidelijk zodra de technische taal is doorgedrongen. De twee redenen die de auteurs geven om aan te nemen dat manipulatie onwaarschijnlijk is, zijn beslist niet overtuigend.

Ten eerste zeggen ze dat het spike-eiwit van SARS2 heel goed bindt aan zijn doelwit, de menselijke ACE2-receptor, maar dit op een andere manier doet dan volgens fysieke berekeningen het beste zou passen. Daarom moet het virus zijn ontstaan ​​door natuurlijke selectie, niet door manipulatie.

Als dit argument moeilijk te begrijpen lijkt, komt dat omdat het zo gespannen is. De basisveronderstelling van de auteurs, die niet nader is uiteengezet, is dat iedereen die probeert een vleermuisvirus te laten binden aan menselijke cellen, dat maar op één manier kan doen. Eerst zouden ze de sterkst mogelijke fit berekenen tussen de menselijke ACE2-receptor en het spike-eiwit waarmee het virus zich eraan vasthecht. Ze zouden dan het spike-eiwit dienovereenkomstig ontwerpen (door de juiste reeks aminozuureenheden te selecteren waaruit het bestaat). Aangezien het SARS2-spike-eiwit niet van dit berekende beste ontwerp is, zegt de Andersen-paper, kan het daarom niet zijn gemanipuleerd.

Maar dit negeert de manier waarop virologen in feite spike-eiwitten laten binden aan gekozen doelen, wat niet door berekening is, maar door spike-eiwitgenen van andere virussen of door seriële passage in te splitsen. Met seriële passage, elke keer dat het nageslacht van het virus wordt overgebracht naar nieuwe celculturen of dieren, worden de succesvoller geselecteerd totdat er een tevoorschijn komt die een echt hechte binding met menselijke cellen maakt. Natuurlijke selectie heeft al het zware werk gedaan. De speculatie van de Andersen-paper over het ontwerpen van een viraal spike-eiwit door middel van berekening heeft geen invloed op het al dan niet manipuleren van het virus door een van de andere twee methoden.

Het tweede argument van de auteurs tegen manipulatie is nog gekunstelder. Hoewel de meeste levende wezens DNA gebruiken als hun erfelijk materiaal, gebruiken een aantal virussen RNA, de nauwe chemische neef van DNA. Maar RNA is moeilijk te manipuleren, dus onderzoekers die werken aan coronavirussen, die op RNA zijn gebaseerd, zullen eerst het RNA-genoom omzetten in DNA. Ze manipuleren de DNA-versie, hetzij door genen toe te voegen of te veranderen, en zorgen er vervolgens voor dat het gemanipuleerde DNA-genoom weer wordt omgezet in infectieus RNA.

Slechts een bepaald aantal van deze DNA-backbones is beschreven in de wetenschappelijke literatuur. Iedereen die het SARS2-virus manipuleert, zou “waarschijnlijk” een van deze bekende backbones hebben gebruikt, schrijft de Andersen-groep, en aangezien SARS2 niet van een van hen is afgeleid, is het daarom niet gemanipuleerd. Maar het argument is opvallend onbeslist. DNA-backbones zijn vrij eenvoudig te maken, dus het is duidelijk mogelijk dat SARS2 is gemanipuleerd met een niet-gepubliceerde DNA-backbone.

En dat is het. Dit zijn de twee argumenten van de Andersen-groep ter ondersteuning van hun verklaring dat het SARS2-virus duidelijk niet is gemanipuleerd. En deze conclusie, gebaseerd op niets anders dan twee niet-overtuigende speculaties, overtuigde de wereldpers ervan dat SARS2 niet uit een laboratorium had kunnen ontsnappen. Een technische kritiek op de brief van Andersen haalt het in hardere woorden neer.

Wetenschap is zogenaamd een zelfcorrigerende gemeenschap van experts die elkaars werk voortdurend controleren. Dus waarom hebben andere virologen er niet op gewezen dat het argument van de Andersen-groep vol absurd grote gaten zat? Misschien omdat in de hedendaagse universiteiten spraak erg kostbaar kan zijn. Carrières kunnen worden vernietigd als ze uit de pas lopen. Elke viroloog die het standpunt van de gemeenschap in twijfel trekt, loopt het risico dat zijn volgende subsidieaanvraag wordt afgewezen door het panel van collega-virologen dat de overheidsinstantie voor de distributie van subsidies adviseert.

De brieven van Daszak en Andersen waren in feite politieke, geen wetenschappelijke uitspraken, maar toch verbazingwekkend effectief. Artikelen in de reguliere pers stelden herhaaldelijk dat een consensus van experts had geoordeeld dat ontsnapping uit het laboratorium uitgesloten of uiterst onwaarschijnlijk was. Hun auteurs vertrouwden grotendeels op de brieven van Daszak en Andersen en begrepen de gapende hiaten in hun argumenten niet. De reguliere kranten hebben allemaal wetenschapsjournalisten in dienst, net als de grote netwerken, en deze gespecialiseerde verslaggevers zouden wetenschappers moeten kunnen ondervragen en hun beweringen kunnen controleren. Maar de beweringen van Daszak en Andersen bleven grotendeels onbetwist.

Twijfels over natuurlijke opkomst. 

Natuurlijke opkomst was de voorkeurstheorie van de media tot rond februari 2021 en het bezoek van een commissie van de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) aan China. De samenstelling en toegang van de commissie werden streng gecontroleerd door de Chinese autoriteiten. De leden, waaronder de alomtegenwoordige Daszak, bleven voor, tijdens en na hun bezoek beweren dat ontsnapping uit het lab uiterst onwaarschijnlijk was. Maar dit was niet helemaal de propaganda-overwinning waar de Chinese autoriteiten op hadden gehoopt. Wat duidelijk werd, was dat de Chinezen geen bewijs hadden om de commissie ter ondersteuning van de theorie van natuurlijke opkomst aan te bieden.

Dit was verrassend omdat zowel het SARS1- als het MERS-virus overvloedige sporen in de omgeving hadden achtergelaten. De intermediaire gastheersoort SARS1 werd binnen vier maanden na het uitbreken van de epidemie geïdentificeerd en de gastheer van MERS binnen negen maanden. Maar zo’n 15 maanden nadat de SARS2-pandemie begon, en na een vermoedelijk intensieve zoektocht, hadden Chinese onderzoekers de oorspronkelijke vleermuispopulatie niet gevonden, of de tussensoort waarnaar SARS2 zou zijn gesprongen, of enig serologisch bewijs dat een Chinese populatie, inclusief die van Wuhan, vóór december 2019 ooit aan het virus was blootgesteld. Het natuurlijke ontstaan ​​bleef een vermoeden dat, hoe aannemelijk ook, in meer dan een jaar geen greintje ondersteunend bewijs had verzameld.

En zolang dat zo blijft, is het logisch om serieus aandacht te besteden aan het alternatieve vermoeden, dat SARS2 uit een laboratorium is ontsnapt.

Waarom zou iemand een nieuw virus willen maken dat een pandemie kan veroorzaken? Sinds virologen de tools hebben gekregen om de genen van een virus te manipuleren, hebben ze beweerd dat ze een potentiële pandemie voor kunnen zijn door te onderzoeken hoe dicht een bepaald dierlijk virus zou kunnen zijn om de sprong naar de mens te maken. En dat rechtvaardigde laboratoriumexperimenten om het vermogen van gevaarlijke dierlijke virussen om mensen te infecteren te vergroten, beweerden virologen.

Met deze grondgedachte hebben ze het griepvirus van 1918 herschapen, laten zien hoe het bijna uitgestorven poliovirus kan worden gesynthetiseerd uit de gepubliceerde DNA-sequentie, en een pokken-gen in een verwant virus geïntroduceerd.

Deze verbeteringen van virale mogelijkheden staan ​​bekend als ‘gain-of-function’-experimenten. Bij coronavirussen was er vooral belangstelling voor de spike-eiwitten, die rondom het bolvormige oppervlak van het virus uitsteken en vrijwel bepalen op welke diersoort het zal worden gericht. In 2000 verdienden Nederlandse onderzoekers bijvoorbeeld overal de dankbaarheid van knaagdieren door het spike-eiwit van een muizencoronavirus genetisch te manipuleren, zodat het alleen katten zou aanvallen.

De spike-eiwitten op het oppervlak van het coronavirus bepalen welk dier het kan infecteren. Afbeelding tegoed: CDC.gov

Virologen begonnen serieus vleermuiscoronavirussen te bestuderen nadat deze de bron bleken te zijn van zowel de SARS1- als de MERS-epidemie. In het bijzonder wilden onderzoekers begrijpen welke veranderingen er moesten plaatsvinden in de spike-eiwitten van een vleermuisvirus voordat het mensen kon infecteren.

Onderzoekers van het Wuhan Institute of Virology, geleid door Shi Zheng-li of ‘Bat Lady’, China’s toonaangevende expert op het gebied van vleermuisvirussen, ondernamen regelmatig expedities naar de door vleermuizen geteisterde grotten van Yunnan in het zuiden van China en verzamelden ongeveer honderd verschillende vleermuiscoronavirussen.

Shi werkte vervolgens samen met Ralph S. Baric, een eminente coronavirusonderzoeker aan de Universiteit van North Carolina. Hun werk was gericht op het verbeteren van het vermogen van vleermuisvirussen om mensen aan te vallen om zo “het opkomstpotentieel (dat wil zeggen het potentieel om mensen te infecteren) van circulerende vleermuis-CoV’s [coronavirussen] te onderzoeken.” Om dit doel na te streven, creëerden ze in november 2015 een nieuw virus door de ruggengraat van het SARS1-virus te nemen en het spike-eiwit te vervangen door een van een vleermuisvirus (bekend als SHC014-CoV). Dit gefabriceerde virus was in staat om de cellen van de menselijke luchtwegen te infecteren, tenminste wanneer het werd getest tegen een labor

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit /  Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit /  Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit /  Bijwerken )

Verbinden met %s